釣魚島爭端，台商們催促兩岸應聯手保釣，但馬英九不為所動，且屢次向美日保證，台灣不會與大陸一起保釣，此作為乃是取得美日信任，以作為《美日安保條約》保護網下的一員，台灣可在美日間享有安全保障之紅利。
台商們希望拉近兩岸的距離，提出兩岸聯手保釣，馬英九回應了兩岸不能聯手保釣的三個理由：一、中共否定《中日和約》；二、馬政府提出「東海和平倡議」，大陸至今沒有任何表示；三、大陸不希望台灣與日本對話時觸及主權議題，但沒有主權哪來的漁權？
其實這三項冠冕堂皇最重要的理由是北京不承認一九五二年在台北簽訂的《中日和約》，其中規定日本將台灣及釣魚島列島歸還給國民政府也就是中華民國，《中日和約》確認釣魚島是屬於中華民國的，今北京不能承認此和約，讓兩岸沒有共同的基礎來進行保釣，只有各唱各的調。此核心問題觸及北京是否承認「中華民國」的定位，如果北京可現實地認定，兩岸關係的政治層面才可向前邁進。
至於台日之間的漁權談判，台灣不會以主權換漁權，主張擱置爭議，主權的問題決不退讓，這與北京所期待的台灣與日本不得談主權有極大的差距。
如今釣魚島的爭議劍拔弩張，隨時有擦槍走火的可能，台灣遞出和平的橄欖枝，主張「東海和平倡議」，希望獲得日本與大陸的附和，以和平方式解決爭議，此亦符合美國期待，以和平方式解決釣魚島爭端，實是對中美日台均有正面的成果。
台灣擔心在沒有共識又沒互信下共同保釣失去了台灣主權及主體性，也失去了話語權。
再說，台灣在國際間被邊緣化了，為了國家安全考慮，馬英九的不聯合保釣，期待有化解之道，方可兄弟齊心，力可斷金。