馬英九元旦致詞提到兩岸進程時，提出兩岸互設辦事處，引起兩岸間的熱烈討論。馬英九的提議是兩岸盡早協商以互設辦事處，並未定時間表，僅以此來展現兩岸互動的善意與前瞻性。海協會會長陳雲林近日在洛杉磯首度提出今年內兩會互設辦事處的時間表，表示：「希望盡快啟動兩會互設辦事機構商談，爭取年內完成互設。」
兩岸關係不進則退，兩岸都有意繼續向前推動，大陸方面表現更為積極，不讓兩岸關係因台灣內部紛爭而停滯。陳雲林在美國向當地僑領與台商做出承諾，在新的一年將加快兩岸經濟協議ＥＣＦＡ其他後續協商和貨品貿易的商談，爭取年底簽署。
中共十八大將對台灣問題寫入了文件，其提出的政治協商備受重視，北京不同意「只經不政」，提議兩岸商談建立軍事安全互信機制，穩定台海局勢，以協商達成和平協議。
由此可見，北京的努力乃進一步為破解兩岸政治難題做準備，北京的推動，台灣實難迴避。
台陸委會對此強調大前提將秉持「國家需要、民意支持、國會監督」的原則，且必須與國會、社會進行溝通與說明，在這些複雜的程序下，先得以立法，並完善法制作業才可進行。要立法必在立法院內力求排除在野黨的杯葛，以求通過，是極大的挑戰。
兩岸互設辦事處也有法源的難題，兩岸關係條例中規定須是法人團體才能來台設辦事處，而海協會為半官方性質，必須另立新法才能適應所需。
兩岸的協商現可說是進入深水區，在強烈的政治敏感度外，台灣內部必須尋求合情合理合法下，才能被接受。馬英九提出的兩岸互設辦事處，具體落實有艱困難行之處。