馬英九為政最受詬病的是他的用人哲學，往往不依國民黨的政治倫理，不按牌理出牌，因之，每當人事更替他的口袋人選都會引來非議，也難服黨內。
吳伯雄是國民黨內大老，素有厚望，他的話語鏗鏘有聲，近日國民黨中評會上，他質疑馬的用人及決策時機，當面諫馬，氣氛相當僵硬。吳伯雄表示，馬英九應檢討推動政策的時機、方式及步驟，外界批評馬總統「用人圈太小」，雖然他不這麼認為，但確實有些支持黨的力量因此離去。馬英九接任黨主席後力求改革，當然讓基層及地方有所反彈，吳伯雄就此表示，改革一定會得罪人，但希望改革的同時，讓每個黨員受到重視，不要讓支持國民黨的力量散掉。
吳伯雄曾為黨主席，○八年領軍打了漂亮的選戰讓馬英九以最高票當選總統，馬執政不久即向吳伯雄表示他要接黨主席而奪兵權，讓吳伯雄情何以堪，但吳對黨的感情深厚繼續效忠，為黨効力。
記得○八年馬蕭當選的晚上，馬英九向支持者承諾「沒有一黨獨大，只有人民最大」，「一個黨可以變大，也可能變小，完全取決於民意」。黨是理念的結合，有理想有目標，馬英九將黨轉為選舉機器，只有選舉功能性的作用，引起了黨員的微言，吳伯雄也道出了看法，選舉求勝是為了落實理念目標，但平時若忘掉黨與黨員間的道義與感情，選舉時這個政黨將沒有力量。
外界常批評馬英九用人圈子太小，同質性太高，排他性太強，吳伯雄為此感嘆支持黨的力量因之離心離德而去。可惜吳伯雄的諫言並沒被接納，國民黨發出新聞稿力駁，稱「這幾年來積非成是，既不公平，也不正確」，或許虛心受教的效果更好，有則改之，無則惕厲，反駁只會消耗進步的力量。