對於南海問題，兩岸不能合作的最大因素是美國。因為美國想重返亞洲，並在亞洲塑造中國威脅論的效果。
所謂西瓜偎大邊，南海諸國紛紛倒向美國，尋求與美國的合作聯盟。一方面，美國絕對不願見到兩岸聯手，共同維護主權，形成對美國戰略部署的挑戰；同時，南海諸國也不願見到此情況發生，認為有了台灣地理的優勢，大陸可透過台灣對東南亞諸國形成重大的威脅；再加上台灣為平衡一面倒的台商赴大陸投資，也希望轉往東南亞諸國，因此不願與這些周邊國家交惡。
美國持反對態度，是兩岸難以聯手的關鍵。過去六十年來，台灣在安全上對美國高度依賴，現在除了軍事上依賴美國，向美國購買高端武器，也期待與美國建立更緊密經貿關係，洽簽自由貿易協定，更希望未來能加入美國的跨太平洋戰略經濟夥伴關係協定，進入在美國的經濟聯盟之中。台灣在安全、政治、經濟、軍事等領域均有賴於美國，在此顧慮下，自不會與大陸聯手，何況兩岸除經濟議題以外的合作，條件還不成熟。
對於南海問題，台灣本身沒有足夠力量在爭議地區捍衞權益，而且兩岸缺乏政治互信，台灣擔心兩岸合作會為北京所利用，並讓國際間產生錯誤認知，不利於台灣發展和周邊國家的關係。
目前，兩岸關係的發展可謂進入深水區，因涉及主權問題，雙方政治定位不明。兩岸合作，國際間必認為是「兩岸一中」，而這「一中」即是強大的中華人民共和國，這是台灣最大的顧忌。兩岸的交流愈深化，台灣的認同感愈遙遠，甚至連「一中原則」也漸成顧慮。
對此，為政者不敢明言。國民黨副主席林豐正來港參加論壇時稱「兩岸同屬中華民族」而非「一中」，可說是台灣主流民意的反映。