馬英九在雙十慶典上宣布，將研究設立「兩岸辦事處」機構，此言一出，掀起了波濤漣漪，綠營人士擔心大門一開，台灣會毫無遮掩，大陸機構的政治性作為台灣能否招架得住？
新上任的陸委會主委王郁琦為馬英九解畫，他表示設立「辦事機構」而非「辦事處」，是以海基會與海協會的模式，或更直接的模式，尚未確定，現以海基、海協互設辦事處的形式較可行，言下之意，馬英九高調宣布兩岸互設辦事機構，但行政部門還未有周全的規劃，沒能跟上腳步，僅提出一個構想而已。面對立法院的質詢，王郁琦也說不出一個所以然來。
可見兩岸的事務是多麼地複雜，沒有經過政策的反覆論證，而輕易提出的構思就被視為是政治風向球，端看台灣內部能否產生共識，否則沒有完備的計劃，在綠營人士的強烈反對下，此方案可能流產告終，也僅可視為馬英九對大陸的善意表態，能否落實還是未知之數。兩岸的經貿要繼續深化，也期待大陸要無私的讓利，馬英九的建議無非給北京一個交代，任何事情的突破，若沒有魄力去推動，終可能在眾說紛紜的爭議中消失。
民進黨在立法院審查陸委會組織法草案，也提出了未來兩岸若有辦事處，須依外交部之駐外機構組織守則的規定，不能矮化台灣，淪為中國各省「駐京辦」的等級。依民進黨的主張乃是國與國交往的規格，北京會同意嗎？
馬英九提出了表面簡單，實質複雜的政治議題，看來在台灣藍綠的分歧與爭鬥下是無解的題，事情也非台灣單方面可決定，尤其民進黨堅持海基會是國家授權的對中國大陸談判機關，必依法有據。未來設立官方辦事機構，不排除採港澳辦事處的模式。