馬英九的第二任就職典禮在風雨及抗爭的聲音中舉行，馬英九面臨領導失效的迫切危機，在此背景下，大家更關切的是兩岸關係的發展是否會有所突破，邁向政治議題的談判，甚至為簽訂和平協議而籌謀。
馬英九的就職演說，終為兩岸關係定調為「一國兩區」，馬英九表示兩岸政策在中華民國架構下，達致「九二共識」、「一中各表」，而「一中」即是中華民國，馬英九同時闡述依中華民國憲法規定，台灣的主權延及中國大陸，而治權僅及台澎金馬，所以是「一國兩區」，台灣地區與大陸地區，互不承認主權、互不否認治權。
兩岸政策本來是馬英九執政的優勢所在。過去四年兩岸以從未有的密切來往，造就了豐碩成果，簽訂的十六項協議將台灣的繁榮發展繫於其上，現馬英九又重申不統、不獨、不武，實是保守的作為，當然對北京有意推動的兩岸政治議題談判是巨大的阻力。過去四年兩岸經歷了極為平穩的發展機遇，令美國滿意，也令大陸方面放心之外也有所期待。
到了二○一二年經過了兩岸和平發展階段，萬事總有一突破口，不能總是「先經後政」，馬英九應可為「政」的起步規劃，如台灣最在意的國際空間問題，就可與北京作為政治談判的議題與起點，馬英九守成，北京就應掌握時機，創造議題，帶領台灣進入兩岸協商和平協議的階段。
馬英九對兩岸問題如此戒慎戒懼，如此穩中求進，只因現在民怨沸騰，馬英九沒有足夠的民意支持，可以讓兩岸政策大步走，他只有以處理內政問題為優先，在兩岸關係上以時間換取空間，但是時間不會永遠在台灣一方，優勢將會退去，馬英九未來處理兩岸問題將更棘手。