人大政協開會時，林毅夫返台的事又成為新聞討論的焦點。國台辦的記者會也表示，林毅夫當年赴大陸，是在特殊的歷史時期，特定的時空背景下發生的事，在兩岸關係已經邁入和平發展的新形勢下，希望台灣從人道主義考慮，早日同意林氏夫婦返台祭祖。
北京以人道考量聲聲催，林毅夫夫婦也期待返鄉祭祖，但在兩岸交流如水乳交融之時，卻得不到善意的回應。司法部仍強調「叛逃罪」未過追訴期，林毅夫的太太只有感慨地說但願人長久，活到超過一百歲就可回去了。尤其國防部的態度十分強硬，把林毅夫視為叛逃的連續犯，國共敵我對立情結在現今時空的轉變下也無法改變，歸根究柢兩岸還是敵對狀態，所以林毅夫的「叛逃罪」無法改變。
林毅夫在月黑風高之時，由他當兵之地的金門泅泳渡海，追求他大中華的理想，他在周折中努力不懈，創造了奇迹，成為中國大陸的農業專家，更躍上世銀國際舞台。台灣人的心中有些不是味道，因為林毅夫若果沒有在中國大陸的這段歷史，沒有掌握到機遇，他的成就也就不會如此輝煌。
今林毅夫思鄉想回鄉探望乃人之至情，但國防部長高華柱卻代表軍方，依陸海空刑法，對林以「投敵罪」提出告訴，並發布通緝，此案的法律處理仍有不同見解的爭議。
兩岸敵對相隔半個多世紀，且現兩岸交流密切，林毅夫案是一個指標案件，蕩漾在法律與人道之間拉鋸，從扁政府至今已有十年，如何處理林毅夫的案件不斷被提起，究竟該如何面對法理與人道的方式，一併解決過去叛逃至大陸的軍官們，繼續拖延乃是對目前兩岸情勢發展之迴避態度。