美牛的爭議延續至今已令人憂心是否會影響美台關係，似乎美台關係是靠台灣民眾吃美國牛肉來得以維持。
站在美國的立場看問題，牛肉是美國農業部門最重要的一環，佔農牧產品市場七分之一強，美國成了世界最大牛肉生產國，美國牛肉出口去年達到五十億美元。過去台灣是美國第六出口市場，但瘋牛症讓一些地方有所顧慮，歐盟二十五個國家、中國大陸、台灣先後都禁止其進口。現奧巴馬在競選連任中，重要的政策宣示是要加強美國的出口計劃，美國在二○一○年公布國民生產毛額增長中，有幾乎一半是來自出口，美國全力促使其牛肉外銷，為美國爭取更多的經濟利益與工作機會。
美國官員為實現奧巴馬的政見，真是全力以赴向台灣施壓，重話也說盡，沒有美國牛肉進口就沒有美台間商談自由貿易協定，以及ＴＰＰ的問題。目前亞洲僅有中國大陸與台灣禁止美牛進口，台灣尤其民進黨更是反美牛的急先鋒，民進黨更首度與中國大陸站在同一立場。近日綠營的學者赴大陸參加論壇，表示民進黨與共產黨要求同存異，未料美牛事件竟讓雙方找到了共同的立足點來對抗美國，原來「求同存異」不是僅存在觀念理想中，日常生活的訴求、對美國說「不」的態度拉近了兩黨的距離。
阿扁時代曾同意美牛進口，當時國民黨立委力拒美牛於門外；現國民黨執政，馬英九亦向美國承諾讓美牛進口，國民黨立委轉而起來護航，並認為台灣是美國的重要戰略與經濟夥伴，為更加緊密美台關係，就應讓美牛進口，還說美台像情侶關係，爭吵中可見深情。此說未免自我感覺良好，肉麻當有趣，美台關係與美牛進口現已成交換關係，只有利益，沒有真情的考量。