天主教香港教區興訟挑戰《校本條例》的案件上訴至終審法院，案件昨日審理，終院聽畢教區和政府雙方代表律師陳詞後押後宣判。教區代表律師稱，《校本條例》引入四成外人參與管理天主教學校，會打散和分化教區學校的管理，教區學校可能要用早禱會的時間去唱國歌，宗教課也有機會被取消，因此《校本條例》將令教區無法繼續辦有「天主教特色」的學校，因此該條例是牴觸《基本法》。
上訴人天主教香港教區的代表律師陳詞指，教區學校的教師只有百分之廿六是天主教徒，而學生只有百分之六是教徒，在《校本條例》之下，管理學校的法團校董會將加入教師代表、學生家長代表、校友代表及獨立校董各一人，該四名代表有機會是非教徒的「外人」，而教區主教最多可委任六人加入校董會，主教以往有百分之一百的控制權，日後卻要開放四成控制權給外人。
教區律師續指《校本條例》會帶來關鍵性改變，以往所有教區學校都由主教管理；但在《校本條例》之下，各校將各自為政，由各自法團校董會管理。教區學校的管理層以往和主教的想法一致，加入外人後卻可能出現分化，打破以往的和諧氣氛。主教委任的校董也可能會「變節」與外人站在同一陣線，一些被否決建議的校董可能會採用離席抗議等手段。
教區律師指對於墮胎、避孕、性濫交、安樂死等議題，天主教有強烈的立場，故教區學校會教導學生如何分辨對錯和道德標準，但日後可能要向法團校董會解釋天主教的立場，《校本條例》將令教區在日後向學生教導天主教道德觀念時遇上困難。
律師又稱政府雖然不可立法禁止教區學校舉行早禱會，但可透過《校本條例》巧妙地間接阻止，法團校董會可能會縮短早禱會時間來唱國歌。也可能取消每星期兩堂宗教課，以增加其他學術課。
政府代表律師則指，《基本法》保障宗教團體可以像以往一樣繼續辦學，但不涉及管理的細節，教區在《校本條例》下仍對學校持有最終控制權，《校本條例》因此符合《基本法》。
案件編號：FACV 1/2011