與此同時，涉及近六億元的仁濟醫院重建工程亦出現類似情況。當局原先預算為主要合約支付最多四億零一百八十多萬元，另外有九千萬元由仁濟醫院董事局「包底」。但季度報告顯示，現時仁濟醫院董事局的包底費增至約九千八百六十萬元，反映工程費至少漲價逾八百六十萬元。
中大發言人稱，主要合約價格較預算高，是因為預留了充裕預算，強調校方會嚴格控制工程費用，避免超支，而今次情況亦不會影響施工進度和學生活動中心提供的服務。香港工程師學會會長陳福祥解釋，受建築物料和人工價格上升，近期建築費普遍上升百分之五至一成不等，相信隨着多項基建陸續展開，建築費上升的情況會持續一段時間。