港澳辦和中聯辦是北京對香港「第二支管治力量」的兩大衙門，關係微妙。和朝廷所有「同類性質」工作單位一樣，相互皆會在朝廷面前「爭表現」、「爭寵」、「爭資源」、「爭影響力」。香港回歸前的過渡期，中英多有角力，特別是「末代港督」彭定康推出「三違反」政改方案，在朝廷統一部署下，港澳辦和中聯辦的前身「香港新華社」並肩作戰，那個時候港澳辦的風頭最勁，是主力部隊，主任魯平在港人心中和在國際社會留下深刻印象。
回歸後，港澳辦和中聯辦都有一段「蟄伏」期，港澳辦主任魯平和香港新華社社長周南幾乎同時「退休」。新上任的廖暉主任和姜恩柱主任都是沉潛低調之人，他們也都在執行中央的指示，要特別注意自己的言行，不得給港人和國際社會留下「干預」香港內部事務的感覺，不得給北京貫徹落實「一國兩制、港人治港、高度自治」造成任何負面影響。
那時，不但港澳辦、中聯辦特別小心，內地其他單位大凡「涉港」事務都要經港澳辦「處理」，不得「擅自」作主和接觸，香港成了國家級「受保護動物」。港澳辦主任廖暉不對香港事務多說一句話；中聯辦主任姜恩柱只埋頭「讀書」——他說香港是一本「很難懂的書」。當時，港澳辦、中聯辦在香港「沒甚麼好爭的」。
不過，九七回歸前夕，為誰當首位華人特首，港澳辦和香港新華社各有心水，各自向朝廷「推薦」人選，這點是眾所周知的，否則，當時不可能一下子冒出好幾位「親北京大粒佬」競選特首，最後還是港澳辦「押寶」的人勝出。
二○○三年後，香港內部問題，特別是管治問題非常糟糕，中央不得不考慮「臨時換帥」，港澳辦再次發揮作用，主任廖暉親自「考察」、「面試」曾蔭權。整個過程，中聯辦一直不得「與聞其事」，只是「等通知」而已。可知，朝廷對港澳辦和中聯辦有不同之使用也。