陳水扁身處四大罪案，其中國務機要費案高等法院更一審判「無罪」，引起輿論嘩然。社會又掀起藍綠族群對立，綠營欣悅，稱尊重司法判決；倒扁藍營民眾大喊「司法不公」；立委邱毅痛批高院作此判決的法官像浮士德——「已經把靈魂交換給魔鬼」。
法院的判定認為陳水扁的國務機要費因公支出款項，比檢方起訴扁、珍的錢還多，所以將扁、珍兩人國務機要費案貪污部分改判「無罪」。國務機要費的支出必須「因公使用」，但扁家之家用均囊括於內，實是侵佔公款，怎能無罪？同樣的犯罪事實，但卻做出截然不同的判決，法官的「自由心證」就可扭轉判決的結果，看來現在朝野不該爭吵不休有無「九二共識」，而應建立「司法共識」，司法作為社會正義的最後一道防線，於焉崩潰？
社會輿論兩極化，法官出面說明，強調判扁案時心中「只有法律，沒有藍綠」。馬英九競選總部執行長金溥聰亦出來表態：「馬英九尊重司法。」馬英九上任多年來，一直強調司法改革未竟之功，由於司法院長乃總統直接提名，因之司法改造，總統責無旁貸。
此一判決正逢選舉期間，效應重生，政治判決固然有法官的考量，國務機要費無罪在法理上有可爭議之處，但在政治上卻求得平衡。過去民進黨不滿馬英九的特別費案無罪，今藍綠獲得同樣判決，為即將來臨的選舉免於激起情緒的因素，同時也為兩黨政治精英免除歷史共業的陰影。
扁國務機要費案，藍營不滿，綠營欣慰，又激起藍綠對立，此時藍營歸隊，決不能讓綠營勝選，無論如何也要投票給馬英九，繼續其司法改革之路。