鐵道部無視死亡訊號
高鐵慘劇被踢爆疑與訊號系統設計出錯有關之後，全國鐵路訊號隱患已成新焦點，鐵道部副部長彭開宙透露，全國有五十八個主要車站和十八個中基站（訊號中轉站），與出事的溫州南站使用同類型訊號設備；不過有專家則爆料指，全國使用此系統的其實有二百多個站。溫州高鐵慘劇至今當局仍未更換該套系統，僅安排人員檢查監控；有鐵道部退休工程師指，鐵道部根本漠視這個隨時釀成意外和人命傷亡的訊號系統更換問題，目前除京滬高鐵外，全國高速列車均採用與出事列車同用的CTCS2訊號系統；按國際慣例，有關列車都必須停運檢查並更換系統。
國際慣例停用
溫州高鐵慘劇事故調查組副組長、鐵道部副部長彭開宙於前日召開的事故調查組全體會議上透露，在全國的鐵路系統中，與溫州南站使用同類型訊號設備的共有七十六個車站和中基站。但鐵道部事後並無停用這些設備，僅在廿四日凌晨（即慘劇翌日），緊急安排人員監控設備涉及列車運行情況和設備狀況；要求發現故障立即停止運行，按規定檢查處理後，在確保安全的前提下才予以放行，並沒更換該訊號系統。
鐵道部一位退休的系統工程師更在微博指出，目前全國高速列車均採用CTCS2訊號系統，只有剛開通的京滬高鐵採用CTCS3訊號系統。今次列車追撞事故，已暴露出這套訊號系統的設計原則有問題；按照國際慣例，同一型號的訊號系統出問題，所有列車都必須停運檢查並更換系統。不迅速更換該系統，可能隨時再發生重大鐵路事故。
該退休工程師還指，訊號系統的設計原則應為，一旦出現故障，訊號燈必須顯示為紅色，這樣就不會導致後車追尾。幾年前秦瀋鐵路亦曾出現訊號故障，原該顯示為綠色的訊號燈錯誤顯示為紅色，導致發生事故。
事故調查專家組副組長、中國工程院院士王夢恕亦承認，此次事故表明訊號系統還有很多地方需要改進。他稱，此前訊號系統採用電線桿做提示桿，每兩公里豎一根電線桿；後因成本太高，改用CTCS系統，不料卻發生意外。
廣深港線採用
涉事的訊號設備系統由北京全路通信信號研究設計院負責設計，內地媒體引述該院研究人員指，鐵道部在京哈、京滬、京廣、隴海、滬昆、膠濟、廣深、京九、蘭新等其實有十八條主要幹線，開行時速二百公里以上列車上都用該系統。該研究員更稱全國共有成都北站、貴陽南站、武漢北站、溫州南站等可能有二百餘個車站安裝了這一系統。據鐵道部統計，截至去年十二月，全國共有五千七百七十四個鐵路車站。
香港工程師學會前會長梁廣灝表示，今次溫州追撞事故是發生在混合軌道上，而日後廣深港高鐵為專用軌道，相信班次會較混合軌道為低，發生意外的機會率亦會相應下降。他又謂，出問題的系統已是幾年前使用，廣深港高鐵的系統則於幾年後才啟用，相信會更為先進。世界各地的鐵路業界，相信亦會吸取今次教訓，更小心設計鐵路的訊號系統，以防出錯。
香港運輸及房屋局局長鄭汝樺日前出席深圳機場二跑道啟用儀式後曾指，特區政府早已就廣深港高鐵香港段，與鐵道部成立專責小組，跟進範圍包括制式的標準制訂、維持及營運安排等工作。
北京全路通信信號研究設計院部分高鐵通訊工程
已完成：
京津線 （北京至天津）
武廣線 （武漢至廣州）
滬寧線 （上海至南京）
滬杭線 （上海至杭州）
京滬線 （北京至上海）
溫福線 （溫州至福州）
甬台溫線 （寧波至台州至溫州）
合武線 （合肥至武漢）
海南島東環線
進行中：
哈大線 （哈爾濱至大連）
廣深港線 （廣州至深圳至香港）
杭甬線 （杭州至寧波）
廈深線 （廈門至深圳）
津秦線 （天津至秦皇島）