陳水扁罪行重大，雖身陷囹圄已久，但特赦與否依然是重要的選舉話題，他的剩餘價值展現在選舉的策略與成敗上。
爆料天王邱毅又爆猛料，稱蔡英文已和陳水扁達成秘密協議，如她當選，便會特赦陳水扁，以換取扁系的支持。事實上，扁辦曾要求蔡英文或蘇貞昌當選後給扁一個「公平審判」的機會，更曾表態支持蔡英文，盡述支持她選總統的十大理由；加上阿扁對這位黨齡不深、不十分民進黨化的女將如此肯定，令民進黨人士大為詫異。
不過，盱衡民進黨內生態形勢，蔡英文挾黨主席之威勝出初選已是意料之事，陳水扁只不過西瓜偎大邊，提早表態以求日後政治利益，此乃深謀遠慮的政治盤算。
的確，扁系已成了蔡英文黨內初選的操盤手，像阿扁心腹林德訓等人已入主蔡英文競選總部，支持阿扁的深綠大老更早早一面倒反蘇挺蔡，這其中應有心照默契。蔡英文集結各方勢力以求勝選，凸顯了她的能耐，至於日後如何處理陳水扁特赦之事，乃是當選後的問題，此時無必要面對，因之蔡英文只需稱此時有更重要的事要做，便「無暇」回答是否特赦的問題。
其實，邱毅稱蔡英文和陳水扁達成秘密協議也未必如此，因為民進黨護短的性格，不管誰當選都會釋放陳水扁，展現民進黨不棄黨內兄弟的情誼。陳水扁期待的只是民進黨再度執政，讓其再現政壇生機。
陳水扁像是打不死的蟑螂，在看守所不斷指點綠營江山，要謝長廷負責立法院改選的工程、蘇貞昌任蔡英文競選總幹事，但是，民進黨內部的心結至深，豈是阿扁於獄中能隨意左右的？