就荃灣區石蔭工地工程影響樓宇安全及噪音問題，香港鐵路有限公司發言人表示，在工程設計階段，港鐵公司已在施工範圍附近的地質及建築物進行評估，確保工程不會影響建築物的結構安全，並於過去半年多次向石蔭工地附近的油麻磡村、打磚坪村等村代表及居民講解工程。對於有居民懷疑高鐵工程損毀樓宇，發言人稱，會派出專業工程師實地檢測，並會因應居民要求，轉介予獨立公證行作獨立調查。
路政署發言人稱，一直就爆破及樓宇結構等問題向附近居民講解，並與當區區議員及地區人士視察工程，而港鐵在鑽爆前一天會告知居民翌日確實的鑽爆時間。發言人表示，曾接獲兩名市民對爆破時間的意見，並已要求港鐵與承建商跟進，將居民影響減至最低。環保署發言人亦指，自石蔭高鐵工程動工，署方曾接獲五宗噪音投訴，當中四宗與爆破工程有關，署方會將個案轉交土木工程拓展署礦務部跟進。土木工程拓展署則指，經商討後，港鐵承諾盡量避免於深夜或黎明前進行爆破工程。