食環署小販管理隊人員執勤時，經常與市民發生衝突事件，早已惹來爭議外，而該署員工告病假紀錄更因冠絕公務員而招致審計署狠批。審計署去年十一月發表的衡工量值報告，揭發該署在○九年每人平均放取近十天病假，較整體公務員的請病假水平高出近七成，個別分區辦事處的員工，更平均放取近十七天病假，促署方正視。
報告發現過往幾年食環署員工請假水平持續高企，由○五年每名員工的八點一一天增至○九年的九點二二天，同期整體公務員病假水平，只由四點九一天增至五點二二天，就○九年病假水平，食環署較整體公務員高出百分之六十七。而轄下十九個分區辦事處、共六千四百名員工，更合共放取六萬五千日病假，平均每人十點一六天，不同辦事處放取的病假水平亦差距甚大，平均每人放取五點八八天至十六點三九天。
食環署當時解釋，部門病假偏高是由於大部分員工執行戶外或體力勞動工作，加上年齡在五十歲以上的員工佔百分之五十八，相對較易受傷。但審計署認為不同分區辦事處的員工，即使執行類似的戶外及體力勞動工作，年齡又相近，但每年平均病假水平卻相差十天，認為或受其他因素影響，如假期管理不足、個別分區有損害職業安全及健康等因素，促食環署採取措施改善。