大地震中共有十九個地震計，四十八個震度計和三十一個海嘯計不能發出資料，令中央分析失準。使有些震得房子都歪了的地區只顯示出五級震度，沒有地震的地區卻收到了警報。海嘯的最高數值至今仍未能知悉，鬧出不少亂子。
阪神地震亦失靈
氣象廳指儀器失靈的主因是「停電、通訊線路中斷和物理損壞」。然而日本媒體批評，同樣的藉口早在九五年的阪神地震已經使用。總務省消防廳在○四年的地震檢討報告中，已建議為全國各地的監測儀器加設衞星通訊及後備供電。可惜到今日，衞星通訊只限市中心的監測器才有，後備供電更要在停電後一天才能運作，令監測網無力面對天災的挑戰。