美國支持穆巴拉克繼續掌權一段時間，好令埃及政局不致出現混亂，其中一個主要對手，就是與國外激進伊斯蘭組織有千絲萬縷關係的穆斯林兄弟會，幾十年來，一直是穆氏千方百計防範的危險政治力量，其反美色彩也令華府全力支持穆巴拉克的鐵腕管治。
種種迹象顯示，兄弟會是穆氏及華府在埃及國內的主要隱患。上世紀五十年代至六十年代，兄弟會的激進主義，威脅政府的管治，前者主張政教合一，後者則堅持政教分離，最後在穆氏強權打壓下，迫使兄弟會的公開領袖轉走溫和路線，但會內主張激進者仍大不乏人。
有趣的是，一九八七年兄弟會獲准參加議會選舉，一舉拿下六十多個席位，是當年的最大反對黨，令穆巴拉克及美國深感憂慮，決心強化控制，全面向政治反對派施壓，一九九三年通過《反恐法》，授予國安部門絕對權力，並取締兄弟會的合法地位。
從此之後，兄弟會轉趨低調，領導層主張走溫和路線的議會道路，通過教育及慈善活動扎根基層。經過多年努力，該會憑在民間的強大影響力，佔領道德高地，與獨裁腐敗的政府形成強烈對比。
到了○三年美國入侵伊拉克，成功控制中東大局，埃及政府承受政治壓力，必須進行政治改革，結果○五年開放黨禁，容許兄弟會參與國會選舉，在國會四百五十四席中，兄弟會奪取八十八席，再次變為最大反對黨，令穆巴拉克及其美國盟友忐忑不安。
實際上，埃及穆斯林兄弟會與中東其他國家內的兄弟會同源，彼此關係密切，現政府一旦放鬆政治控制力，估計兄弟會的勢力會迅速擴大，到九月大選時，經修改憲法後，兄弟會推舉的候選人將是總統大位的有力競逐者，美國能放心嗎？