上任不到半年，西九管理局行政總裁謝卓飛就以健康理由請辭，不過，行內人都認為健康問題只是謝氏的藉口，西九問題政治化才是他離開西九管理局的主要原因。
二○○九年六月，西九新任行政總監懷疑抵受不住局內的政治環境煎熬，在上任一周之後火速辭職。其後，有文化界人士批評，政府以不懂文化藝術的官員來領導西九，是錯誤的政治決定。
去年初，謝氏在數十個候選人之中脫穎而出，成為西九行政總裁。謝氏擁有深厚的文化背景，具豐富藝術修養，亦有過管理大型文藝區的經驗，理論上應該習慣跟官場人士及利益團體打交道，亦可以承受來自不同階層的輿論和壓力。然而，這次謝氏辭職一事似乎證明了，無論是以官僚思維角度，還是以文化思維角度來管理西九，下場都是一樣。
現在，西九儼然一棵許願樹，被各方個別利益持份者掛上不能盡錄的願望。從政府到文化界、再到普羅市民，都對西九有很大的政治、文化、社會經濟等各方面的期望，因此，要求西九的內涵就愈來愈豐富，多得讓西九幾乎負荷不了，瀕臨倒塌邊緣。作為行政總裁，要兼顧各方利益，特別是在香港這塊動輒將事情政治化的福地，更是寸步難行。
西九的先天性缺陷，是其政治包袱太沉重。西九領導層相繼在非常短的時間內辭職，情況不尋常，也可見西九政治化問題已經是病入膏肓。
有人說，除非有神一般的人物來打救，否則解決西九的最後手段，可能是將西九斬件出台，才可以滿足各個團體、各界人士的所有期望。