馬尼拉警方指揮官聖地亞哥強調，讓挾持人質事件前後拖拉逾十小時，是正確的決定。但當旅遊巴司機逃走並指門多薩開始殺人質時，現場指揮官即決定強攻。當被問到整個過程是否依足指引時，聖地亞哥說：「當然。」不過，聖地亞哥亦承認有不足之處，如採取的營救策略、能力及行使的指引等，並表示會徹查事件。
菲律賓派出多個部門協助調查，其中國家調查局（NBI）人員亦有於肇事現場搜證，包括拍下滿布子彈孔兼玻璃盡碎的旅遊巴照片及短片。警方同時訪問了多名目擊者，以了解事發經過，亦有量度旅遊巴上的子彈孔，以便查明死者究竟是只被槍手擊斃，還是死於槍手與警方的駁火之中。