兩岸進入後ＥＣＦＡ時代，經濟議題已達致圓滿的尾聲，緊接着浮上枱面的是兩岸的政治議題，是否建立軍事互信與簽訂和平協議。
中共國防部發言人最近指出，在兩岸軍事互信機制下，可以協商撤除對台部署的導彈問題，而台灣朝野均認為大陸須先撤除對台的一千多枚導彈，兩岸才能進入政治議題，商討兩岸和平協議。北京回應態度和緩，但也有堅持不變的立場，強調在「一個中國」的基礎上，可商討兩岸正式結束敵對狀態，達成和平協定，構建兩岸關係的和平發展框架。當然在大方向上，大陸也在努力實現兩岸關係和平發展，以符合兩岸同胞的共同願望。
這個訊息傳來引起了台灣朝野的關注與爭議，行政院長吳敦義說，兩岸由過去衝突對立到穩定和平發展，乃是在「九二共識」的基礎上累積互信，就必須正視中華民國主權屹立不搖的事實，正視台灣的繁榮進步。看來兩岸各有堅持，讓兩岸失去對話的可能。
過去兩岸經貿交流，北京處理問題時在讓利的原則下可不拘小節，一旦進入政治議題時，「一中原則」成了不可討價還價的鐵板，這也就是深層次的矛盾。北京如何正視中華民國的存在，對中華民國如何定位，尤其台灣的在野黨抨擊為和平架構而犧牲台灣主權，執政黨更是小心謹慎如臨深淵般，不敢輕易觸及此敏感議題。
其實，要建立兩岸的軍事互信，首要是建立人民的互信，尤其是兩岸關係已進入和平發展期，雙方都應抓住這歷史的機遇，讓兩岸關係繼續向前拓展。北京既然表示願建立軍事互信，就不應設有前提條件，更不應把美國對台軍售之議題牽扯在內，如此順應時勢之舉才能獲得台灣人民的好感，從而增加兩岸的互信。