蘇起說，當前兩岸關係已經轉危為安，台美、台日關係都有明顯改善，已經達成階段性任務，因此在健康因素下，選擇這時候離開。馬英九表示勉強同意他辭職。馬英九說，台灣能與大陸以及美、日等國重建互信，蘇起運籌帷幄，居功厥偉。蘇起輔佐他重啟兩岸協商大門，穩定台海形勢，促成四次江陳會談，簽署十二項協議。在國防方面，蘇起促進改革，協助推動募兵制，並成功協助爭取到美國對台兩批重要軍售。可惜，蘇起以健康與家庭因素請辭，去意甚堅，只好勉予同意。

從馬英九的講話看，蘇起如此「居功厥偉」，怎可能「勉予同意」呢？和蘇起有私交的國民黨立委邱毅指，這次蘇起請辭，據他了解是蘇起主動，因為早在美牛風波發生時，蘇就有不如歸去的想法。當時馬英九民調下滑，輿論認為與美牛事件有關，這點讓蘇起一直覺得很委屈。民進黨的立委蔡同榮則認為這是馬英九下的爛棋，他說，蘇起推動「傾中」政策，不為台灣人民所接受，早該下台，卻等到現在。蔡同榮質疑，馬英九是為了月底的四席立委補選，「才下這步爛棋」。

事實上，美牛問題的決策者是馬英九，蘇起只是執行者，他的辭職無論如何都會被認為做了馬英九的替罪羔羊。馬英九難道要靠人家代罪才能維持下去？