在農曆新年前夕，國安會秘書長蘇起突然宣布辭職，這位深受馬英九信任且重用的學者型政治人物，被稱為馬英九的左右手。自馬英九上任之後，蘇起被賦予國安會秘書長的重任，從與美國談判牛肉進口事件，到與中南美洲邦交國的聯繫，到「八八」風災發生時救災機制的運用等，都是國安會秘書長之職責，內外兼顧，責任重大。
在台灣藍綠對立，加之傳媒無所不加監督，國安會秘書長常成為箭靶，尤其是美牛事件，由國安會主導與美交涉，結果不孚民眾期望而引發巨大反彈，蘇起腹背受敵，甚至必須承擔縣市長選舉敗選的責任，在心力交瘁下請辭，成了馬政府又一折翼的官員。
美牛爭議在國民黨自家引爆，要蘇起下台聲浪排山倒海，他當時沒有辭意，還強調願意扛起政治責任。但曾幾何時，在美牛風暴落幕，又陪馬英九出訪洪都拉斯，圓滿返台卻為之倦勤，辭歸故里，一場風雲只留下悵然。蘇起的突然辭職，他的家人表示非美牛事件，此中原因是否有馬英九棄卒保帥之為。馬政府的聲勢低落，馬英九力求去弊興利，從內閣改組展現了強勢與魄力，二月底的立委補選不能再全盤皆輸，馬英九對信賴有加的蘇起不得不「揮淚斬馬謖」，以息民憤挽聲勢，這是充滿了政治意涵的去職。
美國與台灣的軍售依舊，但美牛事件引爆了民怨，對馬政府衝擊不小。輿論的熱門話題是馬政府「親中疏美」路線的挑戰，蘇起以健康理由請辭，已由家人證實非實情，美牛事件也非去職直接原因。其實，馬政府面對民意的背離及每選必敗的壓力，人事調整是馬英九救贖之選擇，由這項人事異動，也透露了馬政府今後的布局。馬英九強硬起來了，只嘆馬前卒都成了炮灰。