任何基建都不免有清拆難題，在內地甚至引起大規模社會動亂，但香港是法治之區，這種問題應該可以協商解決。

清拆涉及的關鍵是賠償與安置。賠償要看是否公平、標準如何擬定，政府固不能霸道，居民也不能獅子大開口，訂出合理標準，並顧及居民情感上損失，給予比市價稍高的賠償標準，居民應該可以接受。政府企硬，居民也不讓步，衝突於焉發生。

另一方面是安置，政府不能只給了錢就算數，要考慮居民搬遷及之後生活上的困難。據說菜園村是作救護站之用，將來一些低端工種也需要人，能不能承諾給予菜園村居民一些工作機會，那樣也可減少他們的對立情緒。

基本原則是，一個投資那麼大的基建，不應因少數村民的反對就放棄。雖然居民是「弱勢群體」，也不能隨便欺負，但社會有整體利益，更需顧及，社會整體受損，個人也沒有好處。多數人固不能以社會名義壓迫少數人，但如賠償與安置都妥善，就不能說是壓迫。

政府初期未處理好，形成官逼民反之勢，何不請一些中立的專業團體協助，訂下有公信力的標準，再做說服工作？

當前菜園村抗爭又介入社會激進力量，事情更複雜了，如最終要動用警力清拆，又是一個悲劇。