對於進口美國牛肉問題，台立法院終於修法禁止美國牛絞肉及牛內臟進口。為此，美國國務院認為台美雙方已簽訂了貿易議定書，對台灣現設置條件片面違約行為表示失望，並發表措辭強硬的聲明，批評台灣違反雙邊協定，讓「政治凌駕於科學」之上，聲明還帶要脅的口氣說「日後台灣要與美國洽簽經貿協定，勢必面臨更大困難」。
馬政府草率地簽訂牛肉貿易協議，又未能完善溝通立法院，讓民粹的高漲衝擊了台灣對外貿易的誠信，美國的不滿溢於言表。
台灣一方面杯葛美牛銷台，一方面又擔心美國翻臉反制，立法院通過進口美牛修法後，美國務院發表聲明表達「深感失望」，實讓馬政府稍以釋懷，因為此聲明已較上次的措辭和緩多了。美國不是息事寧人，而是在此議題的分歧上來反制其他美台間的協議，讓台灣的談判空間縮小，在彌補與贖罪的心情下，對美國的敲詐只有心服口服。
但美對台軍售政策不變，將安全軍售問題與牛肉問題脫鈎，未來軍售案的進行，可一定程度彌補在美國牛肉問題上的失分。美方雖不滿台灣但仍要賣武器給台灣，可說是美國顧全了面子，而讓台灣顧及裡子，能放心地繼續軍購。
台灣官員小心翼翼地解讀美國的聲明，由片面「毀約」變為「違約」，外交部門字字斟酌，句句推敲。
過去數十年美國是台灣重要的經貿夥伴，也是台灣道義上的朋友，台美關係好壞一直是台灣領導人最重要的工作指標。阿扁時代台美關係備受衝擊，但自馬英九政府上台後，修補了台美關係，取得了互信，然這次事件讓美國感受到台灣內部的不確定性及政府的權威性，難免影響今後的有關經貿談判。