阿扁政府的陸委會主委陳明通首先發難，陳明通說，「急統將造成急獨」，過去北京的朋友警告民進黨政府「搞急獨將變成急統」，今天他要反過來奉勸北京的朋友，「搞急統將造成急獨」，台灣社會對廣義的「維持現狀」有共識，但是對統獨都沒有共識。北京的「和平協議」就是「統一協議」的一環。

無疑，陳明通代表綠營的觀點，不過，他是理性的，不是急獨派。但是，陳明通的觀點，在方向上，也得到非綠營學者的認同，也表示馬英九亦不會接受將和平協議界定為統一協議。藍營色彩濃厚的邵宗海也說，為何陳明通會覺得和平協議就是統一協議，大陸學者應該傾聽這種聲音。

對此，北京社科院學者謝郁解釋，兩岸和平協議應該是一個在統一之前，處理兩岸關係框架的階段性協議，而不是最終的協議。大陸的學者沒有人敢說，和平協議就是統一協議。

其實，依三禪之見，兩岸和平協議，的確是和平協議的一部分，至少是反分裂反台獨的協議，因為兩岸要簽這個東西，一定要確立和強調「兩岸同屬一個中國」，沒有這一條就沒有簽的必要，也不可能和平。從這個意義講，和平協議就是為統一做準備。但是，現在台灣多數人怕統一，所以陳明通以此發難，藍營也附和，大陸方面也不敢挑明，想用模糊策略引台灣上鈎。不過，馬英九就是不上鈎。