香港的高鐵要發揮作用，就必須成為全國高速鐵路系統的一環，而不要淪為接駁工具，一旦成為接駁工具，功效就大打折扣。而香港高鐵不淪為接駁工具，除了總站選址要方便大多數慣常旅客外，另一個決定因素是必須實施一地兩檢，而不能兩地兩檢。如果維持兩地兩檢，那就算選上最佳的總站地點，也不過是另一種接駁工具而已。

將來可乘香港高鐵到全國各大城市，那些大城市的車站主要供內地居民使用，所以一般只有車站設施而沒有海關設施，他們很難特別為香港旅客在高鐵車站另闢海關。一旦如此，則香港的高鐵就被這個海關卡住，成為全國鐵路系統的外圍接駁。

目的地沒有海關，就只能在深圳進行出入境手續，香港旅客在西九或其他地點上車，然後在深圳落車，再辦理出入境手續，並轉乘通往各大城市的全國高鐵，情況和現在的東鐵差不多。經過中轉這番折騰，方便變成不方便，行李大包小包，上車落車、出關入關，那到上海和杭州可能還是坐飛機划算。

高鐵系統要內地香港融為一體，在香港起點就要完成一切出入境手續，一上車就直奔目的地，方便快捷，而且時間盡在掌握之中，那才可以保證一千公里以內，高鐵仍有競爭力。