馬英九接任黨主席，外界最關注兩岸關係會有何變化。馬英九強調他兼任黨主席後，將以台灣為主，對人民有利，作為任內最大的追求目標。

馬英九當選黨主席首先對大陸表現善意，他將於今年九月召開的十八屆全會上，主動提議把「連胡會」的五項願景列入政綱，這是重要的歷史承諾。

自從國民黨重掌政權，馬英九大開放的兩岸政策讓兩岸間起了積極的變化，現馬英九再擔任黨主席，能在黨及政雙方面貫徹兩岸和平發展的理念及方針。在眾人的期待下，馬英九提出了「正視現實、建立互信、擱置爭議、共創雙贏」的十六字訣，希望兩岸在此原則下共同追求和平繁榮。

其實，擺第一的「正視現實」是綿裏針，要北京認識到現在兩岸分裂分治的事實，先由「互不否認」開始，最終達致「相互承諾」。此次高雄世運北京派隊參加，馬英九認為這就是北京「互不否認」的善意態度，在包容下共襄盛舉。

作為在野黨的黨魁蔡英文向馬主席道賀，但也對台灣民主及兩岸關係表示憂心，蔡英文憂心總統與黨主席的角色矛盾，中國將強化黨對黨的接觸，突出馬英九的黨主席身份，弱化總統身份，對兩岸關係不利。馬總統擔任黨主席，勢必要面對國共平台的問題，兩岸不能僅有黨對黨的關係，這其實不符台灣民主政治的常態。黨不能光主導自身政策而削弱政府功能，馬英九必須平衡政府與黨運作的關係。