在金門設立特別行政區以融合兩岸，關鍵當然在台北身上。
金門向來都獲特別對待，好像當年大三通不能行，小三通一樣可以發展。加上金門市民的生活已逐漸跟廈門融合，因為金門人回台灣路遠，走廈門路近。事實擺在眼前，金門一定向廈門靠攏。
初步分析，金門要搞，應集中在「金門特別行政區」而不是「一國兩制」，因為「一國兩制」，重點是在「一國」，「一國」必須確定，反而「兩制」可以容許彈性。但金門的建議反而使「一國」模糊，不能明確其主權誰屬，概念容易混淆；而台北自稱擁有金門主權，要由有到模糊，也很難解決。
「一國兩制」的「兩制」，變化程度可以很大，香港只是一例而不是刻版。北京官員一再表示，台灣如接受「一國兩制」，情況可跟香港有很大不同。
陳水扁經常扭曲抹黑香港政制發展，但其實香港回歸前是殖民地，英國在管治上扮演重要角色，而香港回歸前也從未實行過港人治港，政黨運作也不成熟，各界參政程度也相對甚遠，一些有長久從事社會運動的政黨一定比中產和商界佔優。台灣卻截然不同，選舉是家常便飯，所以在政治體制上，香港的考慮和台灣的考慮便完全不同，香港重點是要循序漸進和均衡參與，對台灣的政治現實就有點格格不入。個人估計，如果台灣行「一國兩制」，重點反而是在政黨輪替的過程，不會衝擊對「一國」的認同，以及對「一國兩制」的接受。
另一個例子是駐軍。回歸前香港由英國駐軍，回歸後英軍撤退，就必然有空間要填補，所以北京必須要在港駐軍。相比之下，台灣已有自己的軍隊，如果接受「一國兩制」，問題不是駐軍，而是現有軍隊的編制將出現問題，所以「兩制」的內涵可以有很大變化。