除交易時間外，中港兩地公眾假期不同，兩地股市長遠是否需要協調，同樣需要探討。不過，業界認為，由於假期開市涉及銀行提供清算服務，兩地要在假期安排上作出調整配合，較交易時間更複雜及困難。
「滬港通」實施初期，投資者只可於兩地市場均開放交易及兩地銀行於相應的交收日均開放的工作日才可在對方市場進行交易。現時在一年中，中港兩地有多個長假期不同，例如復活節及聖誕節，香港是假期，內地則不是；與此同時，農曆新年、五．一及十．一，內地股市休市較香港長。
有業界擔心，若香港是假期，但內地市場有市且顯著波動，已投資A股本港投資者「想沽都無得沽」，存在很大風險。此外，「滬港通」還涉及在相應的交收日銀行也開放的情況下才開放，直言「經紀都未搞清楚邊個交易日可以落盤、邊個不可以落盤，何況是散戶？」
不過，有熟悉市場運作人士表示，延長交易時間尚且惹來市場極大爭議，若要在假期開市，不能預計經紀的反應，而且當中還涉及銀行處理清算的問題，因為銀行不只是做股票一門生意，若要銀行在假期提供清算支援服務，問題非常複雜。
據了解，若內地有市，本港則因假期而未能進行「滬股通」， 港交所（00388）可能會考慮在長假期前提醒股民注意有關隔夜持倉風險。
至於內地長假期，但香港股市繼續開放，住在深圳的內地股民蔡先生表示，內地居民非常注重春節假期，因要回鄉，「內地股市就算將春節假期日數縮減，至與香港看齊，都無人會炒！」