「滬港通」正式推出前，續有大量技術問題有待解決。針對中港交易所交易制度差異，中證監發言人張曉軍透露，A股「T+0」交易制度正在研究過程中，又強調「滬港通」是以人民幣作為交易貨幣，在跨境資金管理方式上，資金是閉合管理，留存資金需原路徑返回，不能留在當地市場。
張曉軍稱，「滬港通」推出前，需做好幾方面準備工作，包括進一步完善互聯互通方案，出台規範文件，做好技術準備；與香港證監會做好業務監管及跨境執法合作，協調兩地交易所簽署合作協議，以及制定交易方式、時間安排等細則與應急準備方案。由於制度上有相當大分別，「滬港通」不會影響合格境外機構投資者（QFII）、合格境內機構投資者（QDII）等正常運作。
對於「滬港通」監管問題，中證監稱，初步考慮將採取市場主體監管，上市公司按上市所在地原則進行監管；券商按持牌所在地進行監管，代理跨境交易的證券公司，在業務操作中要接受跨境監管。對於保障投資者權益，會按「交易發生地」原則，投資誰的市場，就由誰來監管。
分析指，A股實行「T+1」及港股實施「T+0」交易制度下，相應產品在設計上有難度，料「滬港通」將加快A股「T+0」制度改革。港人投資A股的股息紅利稅如何徵稅、內地券商是否可以從事港股的融資融券（孖展）業務等問題，有待兩地監管機構再釐清。有分析認為，落實「滬港通」意味上海或不再會有國際板，「滬港通」對上交所是補償。