內地傳媒報道，國產軟件作業系統商中科紅旗因經營困難，宣告清盤，標誌着中國發展自有軟件作業系統，挑戰微軟獨大地位的目標亦因此受到挫折。
報道指，公司資金鏈於去年已經出現問題，無法如期發放工資，並引述一員工請願信指，自去年四月以來，由於中科院軟件所未兌現承諾支付公司承擔的核高基專項配套資金，導致公司資金鏈斷裂並停發工資以今。核高基項目是工信部針對核心電子元器件、高端通用晶片及基礎軟件產品的科技專項。
中科紅旗開發的紅旗Linux系統，曾得到政府採購國產軟件的支持，除了得到政府及許多國企的訂單之外，聯想、戴爾、惠普電腦都曾預裝紅旗系統，以降低成本。
不過，內地的盜版軟件猖獗，即使用戶購買了預裝紅旗系統的電腦，往往改裝盜版的微軟視窗系統。所以中科紅旗自二○○○年成立以來一直都經營困難，股東從未獲得分紅，需要依靠大股東中科院軟件所注資，以維持公司營運。
中科紅旗在中科院軟件所副所長孫玉芳主導下成立，並出任公司董事長兼首席科學家，但孫氏於二○○五年去世後，中科紅旗的營運管理亦陷入混亂。