王菲和木村拓哉結緣始於1999年合演王家衛執導的電影《2046》,木村憑此片於2004年首次踏足康城影展。戲中兩人是一對苦戀的中日情侶,並成為「周慕雲」梁朝偉筆下小說的人物,在「2046」的列車中,木村和機械人王菲相戀,並有接吻等親熱戲。和木村最多對手戲的王菲,曾力讚他表情豐富,相比之下感到自己做得不夠。而木村則大讚王菲內心和外表都非常美麗,容易相處,合作時常談天說笑!
由於王家衛貫徹慢工出細貨作風,影片拍了5年,一度引起木村不滿,當時他說過每天到片場,事前零劇本,臨時才知要演甚麼,如有次王家衛只跟他說:「你在等一個人,準備好了嗎?好!開拍!」令他感到困惑,因為連等誰也不知!不過,木村感謝梁朝偉的鼓勵,教他享受拍攝過程,他揚言不會再拍王家衛的戲,但只要梁朝偉演出,仍願意跟王家衛合作。