王菲雖然已經處於半退休狀態，不過向來篤信佛教的她，做善事不遺餘力，王菲於2002年創流行歌手先河推出佛教ＣＤ，以伴唱形式演唱了其中三首。不過唱片公司卻低調零宣傳，經理人表示今次是為了密宗籌款，完全是慈善性質。王菲亦曾多次來港出席佛教活動，不收分文獻唱《心經》。
王菲在2006年與李亞鵬成立《嫣然天使基金》，為貧困兒童施行免費兔唇手術。今年五月二人更在北京成立嫣然天使兒童醫院，並親自視察環境。