《賽德克•巴萊》上集《太陽旗》及下集《彩虹橋》片長逾4.5小時，魏導為遷就片長已多番割愛，公映版本可說是精華之精華。魏導點出其中三場觀眾不可掉以輕心的場面，加深觀眾體會賽德克族人負隅頑抗的理由。
上集《太陽旗》結尾，賽德克人大舉反日，莫那背着槍枝狂奔，看到滿地的日本人、賽德克人屍體而頹然坐下，觀眾別只看畫面，也要留意配樂歌詞內容。
莫那與生為賽德克人、但取日本名的花岡一郎在樹林中的對話，以及莫那在溪澗與已死父親的對話，都是理解莫那率領賽德克人叛變的重要鑰匙。
莫那幸存的子嗣在《彩虹橋》結尾，為了再次令賽德克族壯大，決定要好好活下去，並將生命延續繁衍。他們載歌載舞，當中的情感很複雜。