據報道,航班編號JAL006的涉事客機於早上十時從羽田機場出發,起飛後不久空管員目擊客機左翼引擎起火冒煙,機長隨後聯絡空管塔稱遇到鳥擊,需要緊急降落。客機在空中盤旋一小時釋放燃料,待機體重量減至可以着陸後,於中午十二時五分降落羽田機場。經檢查後,引擎內未發現有飛鳥撞入的痕迹,懷疑是引擎故障肇事。
一名五十七歲男乘客憶述,起飛後不久便聽到約五下巨響。另一名坐於窗口位的十七歲男生則表示,看到機翼附近狂冒煙,起初感到不安,幸最終平安無事。國土交通省表示,由於客機起飛用的跑道附近草坪一度冒煙,需關閉約兩小時確認安全,事故未引起嚴重延誤。