卡塔爾被指在背後支持包括遜尼派「穆斯林兄弟會」、以及巴勒斯坦激進組織哈馬斯在內的激進伊斯蘭組織。穆兄會因長期挑戰沙特及阿聯酋的君主世襲制,令各國視穆兄會為威脅,更加一度將之定性為恐怖主義組織。
自稱以「改革、民主、集會及新聞自由」為主張的穆兄會,二○一二年成功透過成員穆爾西(Mohammed Morsi)當選埃及總統,在埃及宣揚其政治理念。不過穆爾西上任一年後,便在軍事政變中被迫下台。當時,卡塔爾無視鄰國抗議,高調支持在埃及的穆斯林勢力。事件令沙特及阿聯酋聯同巴林,二○一四年從卡塔爾召回駐當地大使,僵持八個月後才恢復外交往來。