【本報綜合報道】聶樹斌案在偵辦審判過程存在多重問題，多份口供證據缺失卻依然「重判快殺」，惹來連串猜測。據報聶樹斌在被帶走頭五天曾經呼冤，但這五天的筆錄口供卻離奇消失。至於最初為聶樹斌辯護的律師更為「官方指派」，但沒有律師資格，據報更指摘聶家「怎麼能信記者」。
據最高法判決書指出，聶樹斌在被帶走後一周內都被辦案人員「突審」，而頭五天「既有有罪供述，也有無罪辯解」，第六日開始只供認有罪。對於該五天筆錄缺失，辦案人員作多種解釋，包括稱由於搬家而找不到、筆錄不完整、不完整筆錄不入卷是「習慣做法」等。
至於有證人證言缺失，辦案人員辯指可能被當作沒有用而剔除、搬家時丟失等，有關解釋不合常理。而就作案工具的女裝花上衣，最高人民法院認為花上衣破舊短小不合身，而聶家經濟條件較好，聶無偷盜劣迹，也無證據表明對女性衣物感興趣，因此聶供稱偷花上衣自穿是不合常理的。
另外翻查官媒過往報道指出，當年法院指派司法局人員張景和作為辯護律師，但嚴格上他沒有律師資格；張景和在受到聶家質疑時，曾憤怒地說：「你們怎麼能信記者？」「你們應該信政府。」對於傳有領導指令迅速槍決，張景和於行刑後曾向聶母稱近兩天出差，「回來才知道（已行刑）」。