土耳其軍事政變雖然已經平息，但餘波卻遠未消除。當局發誓要剷除政變幕後黑手，在全國範圍展開大清洗。在逮捕七千多名涉及政變的人士後，土耳其當局進一步擴大整肅對象，由軍人、警察和司法人員擴大到學校、情報部門和宗教機構。
截至目前，全國一千五百多個大學學系主管被辭退，兩萬一千個私立學校教師的教學執照被吊銷，一萬五千多名教育工作者被停職，加上此前已經停職或拘捕的九千多名內政部工作人員、兩千七百多名法官等，已經有數萬人受到此次政變影響。目前看來，當局的清洗還沒有收手之勢，肯定還會有更多人牽連其中，而隨着更多人被清洗，這場短命政變對土耳其的影響也將日益顯現。
短期的直接影響就是，不同階層的矛盾衝突將會變得異常尖銳。參與這次政變的本來只是少數軍人，但當局卻清洗了數萬人。這數萬被清洗之人不是尋常之輩，都是精英階層，在社會上有相當影響力，尤其是其背後代表的利益集團其實是土耳其社會的中堅力量。他們無辜受到清洗，肯定心有不甘，勢必抓住機會利用一切形式進行反撲。
因此，這次政變雖然很快被平息了，但由此引發的矛盾衝突可以說才剛剛開始。土耳其當局想徹底消除政變根源，就要清洗更多的人，由此引發的矛盾衝突就會更尖銳，將來爆發的衝突就會更激烈。
長期的間接影響就是，土耳其政治的宗教化傾向將會加速推進。土耳其獨立之時，就確立了政教分離的世俗化發展道路，軍隊是世俗化的重要支持者。如果軍隊發現政府有宗教化傾向，便會發動政變推翻，之後再還政於民，保證土耳其始終沿着世俗化方向發展。
但近年來，土耳其政壇開始發生變化。被指有穆斯林兄弟會背景的現任總統埃爾多安所在的正義與發展黨，開始推行伊斯蘭化政策，專制化和宗教化愈來愈濃。可以預見，這次政變的失敗，將會使埃爾多安更加肆無忌憚地推行伊斯蘭化政策。一旦宗教化戰勝世俗化，土耳其的現代化進程將被攔腰斬斷，整個國家將陷入更大的混亂。