由於四小時的車程不是人人都受得到，故北海道新幹線在服務落足工夫，與航空公司爭奪商務客。Gran Class乘客可獲免費飲品、甜品、網絡服務及報紙，有日本清酒供應，亦可在東京站的豪華休息室候車。其座位較一般客機的商務位闊落，伸腳空間亦較多。但全日本航空公司社長篠邊修指，新幹線始終需時較長，不怕飛機客被搶走。
北海道新幹線也有其弱點。今次通車的新函館北斗站至新青森站，耗資高達三百七十七億港元。但新函館北斗站遠離市區，乘客需轉乘接駁列車到市中心。外界擔心北海道新幹線可能蝕本淪「大白象」。北海道新幹線登場，亦令功能相同的人氣臥鋪特快列車「仙后座」被迫退役，鐵路迷均表惋惜。