醫改被視為美國總統奧巴馬任內最大立法成就，誓廢醫改而後快的國會茶黨勢力，與部分共和黨保守派眾議員聯手，堅持延後醫改落實或扣起醫改融資，方肯通過聯邦政府新財政年度預算。華府堅拒讓步，國會參眾兩院無法在死線前通過預算，聯邦政府十月一日開始局部停擺。同日開始運作的醫改網上投保系統，因經費早有着落按原定計劃投入服務，釀成「你有你反對醫改、我有我推行醫改」的戲劇性局面。
對上一次美國聯邦政府停擺為九十年代中，當時共和黨眾院議長金里奇要求降低聯邦政府支出增幅，與克林頓政府之教育、環保、醫療和公共衞生政策發生衝突，雙方談不攏，國會無法在限期前通過預算。美國國會刻下無法通過預算案，核心爭議為奧巴馬醫改，深層一點看，自去年大選結束以來，令兩黨惡鬥難自拔的始終離不開「預算」二字：共和黨認為，調升美國國債上限前，必須設法削減支出節流，奧巴馬和民主黨人主張加稅開源，兩黨互抓着對方政治軟肋不放。
本年三月一日，迫使兩黨講和的「自動減支機制」生效，雙方寧各自捱五十大板（軍事和非軍事項目各佔減支總額一半）也不妥協，兩虎相鬥、欲罷不能之勢已成。醫改網上投保系統剛巧十月一日開通，眾院共和黨人騎劫醫改製造停擺危機為難華府，或許是因利乘便。
共和黨人反醫改反到聯邦政府停擺，是因黨大老節制不了茶黨新丁，抑或他們苦無反擊奧巴馬計策、「焗」與茶黨蹚這渾水？無論如何，共和黨洗濕了頭，反醫改攻勢易放難收，與極力保住醫改政績的奧巴馬，於下屆大選前相信仍會圍繞醫改纏鬥不休，拳來腳往。
美國有線電視新聞網絡（CNN）民調顯示，六成受訪者認為，避免聯邦政府停擺，比「修正」醫改更重要。不過，與CNN五月進行的民調相比，反對醫改受訪者比例增加三個百分點、達百分之五十七。
奧巴馬醫改打的算盤是，愈多年輕人投保、愈能拉低醫療成本。倘網上投保平台技術故障頻生，又或因宣傳不足令投保人數遠遠無法達標，騎虎難下的共和黨人，或忍不住上綱上線批評醫改不得民心，與奧巴馬繼續較勁。