與新竹科學園區關係良好
檢調指柯建銘一九九七年擔任全民電通公司總經理期間，向林姓友人借票周轉資金，將金額一千二百萬元（新台幣‧下同）的支票，交給全民電通轉投資的全民開發股份有限公司籌備處負責人張郁仁換取一千二百萬元現金，之後因公司未能成立，張郁仁將剩餘籌備款及支票歸回全民電通，但柯建銘屆期仍未清償欠款，涉背信，最終卻未負刑責。
此外，檢調單位在○八年偵辦行政院退輔會所屬榮民工程公司經營的花蓮三棧溪礦場，土石遭盜賣，並有人為勾結不法弊端。經查發現柯涉入甚深，且被發現涉及洩密，其後更查出洩密者竟是前調查局局長葉盛茂，葉並因此案被判監兩年半，但柯卻能全身而退。