東京大學地震研究所曾表示，東日本大地震令東京底下板塊壓力改變，增加發生大型地震的風險，去年三月至九月東京灣地底發生的小型震動已大幅增多。研究所所長平田直教授表示，東日本大地震發生前，他們已預測東京在未來三十年有七成機會發生災難性地震。他更警告，東京灣一旦發生七點三級地震，將造成一萬人喪生及八萬億港元經濟損失。
日本政府擔憂一旦東京遭受強烈地震，首都機能會完全癱瘓，因而建議在關西地區興建副首都，大阪更是熱門選址。大阪市市長橋下徹和東京都知事石原慎太郎上月底舉行會談，雙方就教育和電力供應配合機制達成共識，石原更大力支持大阪成為副首都。