總統府及國史館網站均有歷任正副總統簡介。總統府網站只提及阿扁任內在內政、族群政策、社會安全以至外交成果，包括興建高雄捷運、台中清泉崗機場、加入世貿組織，以及其對兩岸關係的「四不一沒有」、「一邊一國」等立場。國史館的篇幅則較負面，提及阿扁競逐連任，投票前夕中槍，偵查結果引起各界爭論。網站又提到阿扁○六年被揭國務機要費案等醜聞，激發百萬人上街靜坐要求下台，以至卸任後官司纏身，去年被判監。
另外，國史館慣例都會為卸任元首編撰專書或進行口述歷史，但阿扁卸任近三年，國史館至今尚未展開撰史。副館長稱如做口述歷史須入監訪談，目前不是適當時機。