聖胡安河流經尼加拉瓜和哥斯達黎加邊界地區，為兩國多宗邊界糾紛源頭。有關爭議可追溯至兩國於十九世紀簽訂的《卡尼亞斯－赫雷斯條約》（Canas-Jerez Treaty），條約訂明接壤兩國的聖胡安河屬於尼國，但准許哥國作商業通道，並取得該河永久免費航行權，自此兩國因航行權界定模糊而糾紛不斷，國際法院去年作裁決，維護哥國的航行權，但同時指尼國有權管制航行。