魚類吞食大量有毒藻類後，毒素積聚在體內，使海水的酸鹼值升高，黏稠度增加，由於營養過盛，紅潮藻會因爆發性增殖、過度聚集而大量死亡，嚴重威脅海洋生物的生存。被紅潮覆蓋的水溶氧量減少，被紅潮殺死的魚蝦被沖上海岸，腐爛發臭並產生有毒物質，使海灘的康樂價值大減。而且，死去的魚蝦會孳生更多細菌，進一步使水質惡化。

進食受污魚類可致神經麻痹

紅潮會刺激泳客的眼睛、皮膚及呼吸系統，人類進食紅潮區內含毒素的魚類或貝類水產，有機會出現神經系統麻痹、胃腸道紊亂、喪失記憶等食物中毒症狀，嚴重者甚至會導致中毒身亡。