甫在周一被委任為新任行政院長的吳敦義，連日馬不停蹄與總統馬英九協商新人事安排，在昨晚十時召開記者會。多名因救災不力請辭的官員確定下台，部分接任官員具豐富救災經驗，有利日後的水災重建工作。

林中森出任行政院秘書長

內政部政務次長林中森接替薛香川出任行政院秘書長；國防部長陳肇敏離任，由以治軍嚴謹見稱的退輔會主委高華柱出任。至於外交部長由駐印尼代表楊進添接任，代替去意甚堅的歐鴻鍊。另外，台北副市長吳清基順利入閣，出任教育部長。

而財經部會方面的變動較大，中油董事長施顏祥「爆冷」出任經濟部長，接替卸任的尹啟銘；政務委員蔡勳雄兼任經建會副主委。至於內政部長方面則由研考會主委江宜樺轉任；原部長廖了以轉任總統府秘書長。

部分獲留任的閣員，包括法務部長王清峰、財政部長李述德、交通部長毛治國、陸委會主委賴幸媛、新聞局長蘇俊賓等。

本港時事評論員劉銳紹認為，今次台灣大規模改組內閣，反映馬英九急於挽回威信。多名新任閣員知名度較低，亦並非獨當一面的決策官員，加上委任無做過總司令的高華柱任防長，反映馬英九在軍中無人可用。