擇捉、國后、齒舞和色丹原為日本領土，二戰期間被蘇聯佔領，迄今仍由俄國管轄。上世紀五十年代俄方提出歸還齒舞和色丹兩島給日本，日方堅持四島全部歸還，兩國一直為此爭議不休。曾任日本外務省事務次官、現為麻生外交事務顧問的谷內正太郎，提出將面積最大的擇捉島的百分之廿五及另外三個島劃歸日本，擇捉島另外百分之七十五歸俄國，這樣俄日便各得北方四島一半面積，是為「三點二五個島方案」。
普京臨行前未有交代自己對此一方案有何看法，並強調俄日在經濟合作等方面應相互信賴，似在暗示三天訪日之旅只談經濟不談政治的立場。不過，普京與麻生會談期間，對尋求解決領土糾紛表現積極，雙方一致認為，沒有締結和平條約成為兩國各領域關係發展的障礙，有必要謀求四島歸屬問題的最終解決方案，麻生其後在記者會上更認為，普京此行是將兩國關係提高到新層次的重要一步。
表面上高度重視
值得留意的是，雖然普京和麻生對領土糾紛予以高度重視，但實際上雙方並未就此提出任何新主張，與二人在經貿方面取得的成果構成強烈對比。舉例，雙方簽署共同開發東西伯利亞地區油田的協定，在核能合作方面，日本使用的俄國產核燃料比例，將由目前的一成五提升至兩成五。兩國還簽署多份合作文件，如防止水產品非法捕撈和海關合作互助等。此外，普京還呼籲擴大兩國在太空和高新技術領域等方面的合作。
俄日兩國貿易額於過去五年從七十億美元增至三百億美元，經貿合作的層面和規模與日俱增。日本靠進口能源維持經濟活動，過度依賴中東石油等於作繭自綁，該國自然希望成為俄國在亞太地區的第一大客，在確保能源安全方面買多一重保險，至於俄國亦不得不借助日本的力量，提升在遠東地區的能源開發效率。對俄日兩國而言，硬把解決領土糾紛與促進經貿合作「掛鈎」，某程度上損人不利己。
但問題是，在俄日經貿關係日趨緊密同時，北方四島爭議仍原地踏步，俄方解決此糾紛意願會否持續下降，值得留意。