屯馬綫日前全線通車，吸引了大批市民前往體驗。該線開通之後，貫通新界東西，連繫九龍東，成為全港最長的鐵路線。儘管屯馬綫投入服務，方便沿線居民，但亦令到整個鐵路網絡「洗牌」，尤其是沿途6個轉線站勢必出現擠擁的局面，部分車站已經出現人流「樽頸位」。
有實地視察的專家也擔憂，屯馬綫開通之後會出現「聚流作用」，吸引新界東及新界西的居民乘搭過海，使本來已經十分繁忙的尖沙咀站及金鐘站帶來額外的壓力，政府需要做好分流規劃，加強疏導，以應付早晚高峰期人流。
此外，有乘客反映，列車在行車途中出現顛簸，亦有記者發現，當有列車到站時，車門與月台的幕門經常未能對準，最嚴重約有30厘米的差距。港鐵車務總監李家潤表示，屯馬綫全長56公里，若中途有車站出現事故，對車務營運相當具挑戰，會有工程人員等隨時候命，減低影響。
港鐵過去雖然標榜十分重視為乘客提供安全及可靠的鐵路服務，亦持續被國際都市鐵路聯會評為在全球主要鐵路系統中，在安全性、可靠性及乘客準時抵埗比較方面，排於前列。惟港鐵近年信號系統、電纜、鐵軌維修等技術故障頻繁，以往亦未有提供適時應急措施，令擠塞現象接二連三出現，管理層須正視有關問題。
至於屯馬綫全線通車後實施新票價，港鐵車務總監李家潤表示，會按調整機制下調1.85%，也會有多層面的優惠。但是，他仍未回應如何解決屯馬綫票價「短貴長平」的問題，例如大圍站上車，在紅磡站落車，成人八達通價只需6.2元，惟在近一些的何文田站落車，則需9.6元。
「短貴長平」問題有着市場及歷史因素，但有關注鐵路的組織估算，西鐵綫伸延至紅磡站後，用了約6年才大致令西鐵綫全線按距離收費，憂慮屯馬綫的乘客或需等候更長時間。除了透過過往逐漸在較便宜的路線加價「追勻」，期望港鐵公司趁通車時理順車費，於西鐵綫路段減價，提供有說服力的票價，以免加重東鐵沿線居民的負擔。
屯馬綫開通後，土瓜灣及九龍城區隨即遭遇突變，巴士與小巴生意大受打擊，4條九巴巴士線路計劃取消，包括途經伊利沙伯醫院的11號巴士線。另外，土瓜灣一帶4條紅色小巴路線與屯馬綫走線高度重疊，業界估計小巴客流量或大減約五成。受屯馬綫通車影響而被迫停止服務的巴士及小巴線路，對企業而言是經營壓力，對從業者而言更是失去飯碗。對此，政府有關部門要積極應對，為受影響的從業員提供適切援助。
行政長官林鄭月娥表示，屯馬綫開通，會加緊落實北環綫，以釋放北區沿線土地的發展潛力、增加土地及房屋供應。香港覓地增加供應經歷一段長時間卻成效不彰，希望特區政府現在能坐言起行，加快北環綫落實有效釋放沿線土地。