有傳媒和市民揭露西九文化區M+博物館購入粗鄙、辱國，甚至涉嫌違反《港區國安法》的藝術作品，認為是館長未能管理好團隊，也質疑審批作品的準則，亂用公帑，擔心會給社會帶來錯誤的訊息和誤導。亦有家長憂慮館內包含低俗、色情和有偏頗政治傾向的藏品，會為下一代帶來負面影響。
據西九文化區管理局所述，M+的使命是從香港的角度、現今的角度出發，配合宏觀及具國際性的視野，聚焦20及21世紀的視覺文化。惟據報，目前M+的購藏，香港部分只佔3%，其他97%都和香港無關。其中，他們購藏的方向，尤其是如何購藏，其實一直存有很多疑問。
例如，M+曾以1,500萬元購入日本古典設計師倉俁史朗的《清友壽司吧》，這與香港沒有明顯的關係，而該設計師最負盛名的作品如《How High the Moon》、《Miss Blanche》等皆為家具，並非室內設計，令人質疑M+是否把公帑用得其所。
為人詬病的是M+博物館網上公開的館藏中，有艾未未向天安門廣場「舉中指」的作品。侮辱國家、煽動仇恨的藏品在政府公帑興建的展覽館出現是絕對不能容忍的，即使是其他國家都不會容許這樣的行為。放諸世界各地，展館展出藝術品理應符合社會民情與感受，亦應考慮道德尺度。
此外，M+小組成立後，聘請了北歐人李立偉（Lars Nittve）當行政總監，逐漸地將香港文化定位，改成「國際定位」，之後還引入瑞士收藏家希克的藝術購藏，以香港視覺文化定位的M+，漸漸異化成西方的「藝術館」。
西九文化區管理局於2017年委任外籍人士方美昂（Ms Alison Friedman）擔任表演藝術總監，同時領導戲曲、舞蹈、戲劇及音樂等團隊。
本地資深藝人汪明荃多年來在香港積極推動粵劇及戲曲藝術的發展，更一直以八和會館主席身份，關注西九龍戲曲中心的規劃。汪明荃認為西九提供的資料未能顯示方美昂對傳統戲曲有深入的認識，表演藝術總監應由對戲曲和粵劇有深切認識的人士出任，以照顧戲曲的發展需要。
去年9月，香港油畫研究會主席、中國美術家協會會員林鳴崗聯同近百名本地及國內外藝術工作者向政府遞交聯署信，盼政府多加重視西九文化區的發展，惟未得到當局的正面回應。信中，近百名藝術工作者均對香港的藝術文化發展感到憂慮，認為具文化色彩的博物館，卻無法勾起市民的文化認同，又怎能發展成中外文化交流中心？M+的責任是確保藏品及展覽以專業、客觀和持平的方式呈現，以促進討論、研究和學習，並且增進知識及帶來樂趣。作為一間在香港營運的公共博物館，M+必須遵守法律，並秉持最高的專業操守。
為了確保M+遵從上述的原則和政策，政府必須設立機制，全面檢討現時的制度，包括收藏和展出的程序，絕對不能讓M+以不合理的價格購入藏品。